Podstatou metody neutronové aktivační analýzy (INAA - Instrumental Neutron Activation Analysis) je analýza emisních spekter neutrony aktivovaných vzorků. Po aktivaci se excitovaná jádra sledovaného prvku se navracejí do základního stavu za současné emise záření s charakteristickým složením a spektrem. Prostřednictvím detekce a analýzy tohoto záření lze zpětně usuzovat na přítomnost daného prvku a lze přesně určit i jeho koncentraci. Tato metoda je velmi citlivá a umožňuje stanovení i velmi malých množství vzácných prvků (koncentrace menší než jednotky ppm).

Jestliže se metoda rozšíří o současnou detekci více kvant emitovaných jádrem v kasádě, hovoříme o koincidenční INAA (CINAA - Coincident INAA). Ve většině případů jsou aktivovaným jádrem emitovány i elektrony, tyto elektrony lze využít k zobrazování distribuce prvků pomocí pixelového detektoru. V takovém případě tedy můžeme určit nejen množství daného prvku ve vzorku, ale rovněž jeho rozmístění.

V současnosti se studují možnosti využití detektorů Medipix pro zobrazování v NAA.